Depende de como vc apagou os arquivos, se vc entrou via terminal, tudo bem, mas se apagou com o Nautilus e como root, os arquivos que estariam na lixeira 'normal' vão para a lixeira do root e, com isso, não são realmente apagados; e tem também o lance de apagar pastas numa partição Windows, vc criou a pasta numa partição Windows?