Ok, vamos fazer o seguinte. Eu não sei qual o caminho desse arquivo de configuração do conky, porque não uso, mas você certamente deve saber. Então dê boot no seu pc usando o live cd do Ubuntu. Quando carregar, dê um sudo nautilus no terminal, navegue até esse arquivo de configuração do conky (ou até sua pasta oculta) e delete, ou delete as modificações que você fez. Depois reinicie e dê o boot normal. Provavelmente você recuperará sua sessão.
Depois, visite a documentação do conky, ou vá num fórum, ou procure o desenvolvedor dessas configurações pra saber o que você deve modificar para não dar esse conflito.