Estava quebrando a cabeça com isso também, em principal porque o local para isso mudou da última vez que usei o cairo dock.
Pois bem, para fazer isso clique com o botão direito em cima do dock e selecione Cairo-Dock>Configure.
Vá em Categories>Behavior>Accessibility, tique em "Auto Hide".
Recomendo também tirar a seleção de "Space".
Até mais.