Não precisa criar uma pasta homônima, basta colar a pasta oculta que foi copiada na sua Pasta Pessoal, e só. Vou dar um exemplo prático. Suponhamos que eu tenho um backup da pasta ".openoffice.org" e, de repente, tenho que reinstalar o Ubuntu e apagar tudo, inclusive a minha /home, que (não é o meu caso) fica na mesma partição do sistema. Quando tudo estiver reinstalado, a pasta ".openoffice.org" ainda nem existe, porque eu não abri o programa nenhuma vez. Então, antes mesmo de abri-lo, eu colo a pasta ".openoffice.org" do meu backup na minha pasta pessoal e pronto! Quando eu abrir esse programa, verei o programa com todos os atalhos que eu adicionei, com os complementos que instalei, enfim, da maneira exata como estava antes de eu formatar.
Agora, se eu tiver aberto ao menos uma vez o OpenOffice antes de colar a pasta do meu backup, então uma pasta homônima será criada pelo sistema. Então, quando eu for colar a pasta ".openoffice.org" do meu backup na minha home, me será mostrado um diálogo perguntando se quero mesclar e substituir uma pasta pela outra. Eu, particularmente, não gosto de mesclar, para não haver risco de sobrarem arquivos que não estão no meu backup. Prefiro apagar primeiro a pasta que já existe e, depois, colar a do backup.
Espero que eu tenha sido claro. Boa sorte.