Logicamente pela falta de estabilidade e funcionar somente 75% funcional. Encontramos problemas que são bastante difíceis para resolver, até usuário avançado tem que quebrar a cabeça. Lembro que quando era usuário windows, aprendi a usa-lo sozinho, caía dentro do google, yahoo, para tirar umas dúvidas, mas sempre era bem simples resolver, já no Linux e bem complicado.
Só o fato de você ter que usar o terminal para várias coisas fica mais complicado ainda, lembrar os códigos para fazer algo funcionar, instalar programa ou hardware, plugins, entre as infinidades.
Eu sou aquele tipo de usuário que formata o PC, tira o win e coloca Linux, na esperança da versão nova ser mais compatível e estável, e acaba sempre voltando a estaca windows para rodar seus programas predilectos e seus jogos viciantes.
Problemas Linux que atingem muitas pessoas:
*Gravar o som do computador
*configurar placa de captura
*tocar player de web-radio directamente do navegador sem usar player externo
*programas e jogos que não funcionam no wine nem a pau
*O histórico do amsn é horrível
*muita das vezes não salva configuração, quando reinicia o PC volta as configurações anteriores e você tem que configurar tudo de novo, mesmo tendo seguido vários tutoriais na net
*o clique com botão direito do mouse é rápido de mais e clica sozinho na primeira opção (não acontece com todos mas aconteceu comigo e com vários pela net)
*o volume é descaradamente baixo de mais, quando está na metade já está mudo.
*configurar impressora é brabo, funciona mais é brabo
*programa para gravar TV da placa de captura (um que seja fácil de instalar e de usar)
Apenas destaquei os que passei e que muitos passaram e estão passando, alguns até hoje sem solução como eu.
Se o Linux continuar assim, vai ser difícil largar o windows de vez.
Tá certo que temos quase que um monopólio na industria dos software e games para PC mas talvez esteja faltando alguém como o "RATO" do filme O Núcleo para dar um up no Linux de vez.
Uso o Ubuntu 9.04
Estas observações que postei foi na minha leiga experiência com o ubuntu que talvez alguns chamem de buguntu pelos vários bugs. (claro que outros linux também tem seus bugs)