Eu tenho aqui instalado o Nvidia X Server Settings e tenho a mesma placa de vídeo, tinha esse problema de mudar a resolução a cada inicialização do sistema, consegui resolver acessando o programa como root: gkdudo /usr/bin/nvidia-settings, selecionando a resolução desejada e usando a opção: "Save to X Configuration File" - quando tentei editar manualmente o arquivo /etc/X11/xorg.conf não surtiu o efeito desejado (só não entendi o porque, antes funcionava)