Eu não entendo pq no Windows eu nunca tive problema com isso, agora no Linux quase todos os programas dão problema com codificação de caracteres, estou tendo problemas disso no Firefox também, o IE não tinha isso e o próprio FF no Windows também não dá problema com isso.
Acho que esse é um aspecto importante a ser analisado pelos desenvolvedores Linux prá dar um salto de qualidade no Ubuntu, que está ficando cada vez melhor, mas ainda peca em coisas importantíssimas como essa.