Olá, Pedru.
Comigo aconteceu isso, no meu caso tenho dois discos SATA. Inverti a posição deles nas interfaces e normalizou, se não for o seu caso você terá que restaurar o Windows.
Vamos lá:
1 - Na BIOS configurar para dar boot pelo CD;
2 - Dar boot com o CD do Windows e escolher a opção "R" reparar;
3 - Será pedido o nº da partição onde está o Windows, geralmente a 1 e a senha de administrador se foi colocada uma na instalação, senão teclar ENTER;
4 - Digitar: copy x\:i386\ntldr c\:
copy x\:i386\ntdetec.com c\:
Obs.: O x é a letra da sua unidade de CD ou DVD.
5 - Será perguntado se quer sobrescrever os arquivos, responda sim e reinicie o PC.
Espero ter ajudado.
Boa sorte.
Seja livre, sempre use Linux não importa a Distro e aconselhe os outros a saírem do MATRIX.