Normalmente quando eu instalo um pacote .deb que não fazia parte da lista normal do synaptic, ele fica na parte de "Installed (local or obsolete)" (na parte "Status" do Synaptic).
Não sei como ele fica na versão em português, então coloquei essa imagem aí:
No 9.04 existe também um programa chamado Computer Janitor (com o icone de uma vassoura), que fica em Sistema -> Administração, que remove esses pacotes instalados localmente.
Edit:
E o melhor player pro gnome é o Exaile! =P