Hmmm... Você instalou o algum driver proprietário novo com o compiz habilitado? Se sim, creio que seja este o problema e para resolver será simples: reisntale o compiz pelo synaptic e adicione. Não resolvendo, pode ser o contrário, você atualizou algum driver que deu pau. Veja se no teu /etc/X11/xorg.conf o driver de video que faz o 3d está habilitado como deveria.