Deixa eu ver se entendi, ao acessar o micro windows pela rede utilizando o ubuntu com o comando smb://ip_do_micro/nome-do-arquivo executado pelo nautilus, os arquivos estao como somente leitura?
1- Se for isso, o problema esta no compartilhamento feito no windows. No compartilhamento esta permitido que outros usuarios alterem o conteudo da pasta compartilhada?
2- Se for o windows ou outro linux quem acessa o compartilhamento feito no ubuntu e os arquivos estao como somente leitura, poste o compartilhamento feito no samba.
2.1- De o comando chmod 777 nome do arquivo no ubuntu e verifique no windows e/ou outro linux se consegue altera-lo.