O Compiz já está instalado por padrão no Ubuntu e, até onde eu sei, uma vez que vc tenha uma placa de vídeo compatível ele é ativado por padrão. Há ocasiões em que vc precisa instalar o driver qdo o sistema 'pergunta' se vc quer instalar o driver qdo detecta uma placa de vídeo nVidia ou ATI. Se vc tiver aquelas placas de vídeo on board Via Chrome9 da vida vai penar pra colocar os efeitos do Compiz pra funcionar...
Como faço para baixar e instalar o xgl e compiz no ubuntu para ter as janelas graficas em 3 D