Bom dia pessoal. Eu já consegui resolver o meu problema, mas deixo aqui o meu relato para que futuramente sirva de consulta para a galera. Seguinte... ia pegar uns arquivos de um PC - Ubuntu 8.x - para outro - 9.04. Até então sem problemas. Na verdade tinha uns sim. Tipo ele não conseguia copiar os arquivos que acho que são temporários ~arquivo.ext e também dava erros dizendo que eram read-only, ou Erro entrada/saída. Aproveito até para pedir explicação para os mais experientes no assunto. =P
Daí seguinte esse pen drive é um Kingston DataTraveler100 de 64Gb. Quando trouxe para a outra máquina para copiar os arquivos, primeiro deu um problema que ele disse que havia copiado, mas não tinha copiado - perdi tudo - e depois quando tentava excluir dava esse problema de entrada e saída. tentei formatar em máquina com windows mas dava o mesmo problema. No meu caso resolvi com o seguinte artigo:
http://lucasteixeira.com/pendrive-montando-como-somente-leitura-no-linux/Eu acho que foi esse. Pois mesmo após isso ainda tava dando problema, mas depois de um tempo desmontei o pen drive despluguei, pluguei de novo e voltou a funcionar. espero que ajude mais alguém. Obrigado.