E com o pacote deborphan vem um outro comando gráfico e mais fácil de trabalhar, o orphaner.
Esse programa abre um dialog e aí é só clicar nos arquivos a semr apagados.
Bem, dá para criar um scriptzinho também:
#!/bin/bash
deborphan_loop()
{
deborphan > /tmp/txt.txt
while [ "$(cat /tmp/txt.txt)" != "" ]; do
cat /tmp/txt.txt
apt-get -y remove $(cat /tmp/txt.txt)
deborphan > /tmp/txt.txt
done
}
deborphan_loop