seja mais específico... em outra máquina ou em outra partição do seu micro?
Posso estar errado, mas acho que o wine não executa arquivos remotamente, se for o caso faça como eu: eu costumo acessar um servidor windows 2003 usando o rdesktop, daí como já estou numa máquina windows não preciso de wine.
Se for o caso de uma partição windows em seu micro, o importante é que tal partição esteja montada e que você tenha permissão de escrita nela.