Ué, que estranho... Funcionou no vmware? Você disse que pode haver alguma incompatibilidade com o kernel. Já tentou compilar outro kernel? Por acaso o kernel instalado era versão beta?
Por outro lado, e é o que me divide a opinião, é que se fosse realmente algum problema com kernel não rodaria no Vmware, a menos que seja algum problema na memória ou no gerenciamento. (é meu ponto de vista tá, não estou duvidando de você).
Bom, pelo menos está funcionando né, mas o ideal é que funcionasse normalzão, sem vmware. :-)
Flw ae.