Fabiano,
Depende de como sera a estrutura de sua rede:
- Se for uma rede ponto a ponto, com poucas maquinas, a versão desktop é suficiente.
- Se for uma rede onde voce terá estações de trabalho e um servidor central para controlar acessos, banco de dados, impressão e etc... o mais recomendado (para o servidor) é a edição Server.