Olá,
Quando você tentar instalar algo do windows no linux , automaticamente é chamado o wine (tendo ele instalado) caso a extensão do arquivo esteja associado ao mesmo ( o que no geral já está), ou seja, a resposta é: - Você pode instalar a qualquer momento um programa no wine, pelo termina utilizando o comando: "wine instaldorDoPrograma", ou apenas clicando sobre o executável do software. Lembre-se que o wine não tem compatibilidade com todos os programas do windows, porém a lista de compatibilidade cresce cada vez mais, ainda mais com a proximidade do lançamento da versão 1.0!