A instalação é rapida, o que mais demora são as configurações que de vídeo, som, programas específicos que utilizamos e ai entra o Remastersys.
Uma vez feito seu disco todo aquele trabalho que você teve será uma unica vez, já pensou se um dia você tiver que formatar?
O beneficio do Remastersys é que sempre que você utilizar a midia gerada por ele já estará configurado da forma que você deixou, isso evita de um bocado de trabalho.
O Aptoncd passará a ser usado após essa etapa, onde serão coletadas todas as atualizações de sistema e/ou segurança.
Na minha opinião, instale o primeiro micro, faz as atualizações, as configurações, instala seus programas específicos. Então gera uma mídia com o Remastersys e quando surgirem as atualizações use o Aptoncd.