na verdade, o que eu percebi aqui é o seguinte:
o Ubuntu tem duas cores de fundo. A do GDM e a do Gnome.
Alterando a do GDM ele altera uma parte da cor na inicialização, e alterando o Gnome, ele altera a outra parte.
Para alterar a do Gnome, é só ir na opção Aparência, ou Alterar Plano de Fundo, e, lá em baixo, onde diz cores, escolher a cor desejada. Dá pra colocar até gradiente...