Ao que eu saiba, o Linux reconhece o arquivo (tipo) independentemente da respectiva extensão.
O Windows, por sua vez, não sabe de que arquivo se trata sem a extensão.
Então, se vc. for gravar pelo K3B/Linux, por exemplo, não faz diferença se há ou não uma extensão .iso.
Em tempo (editando aqui), o que mais importa na hora de gravar seu CD/DVD Linux é a checagem do md5 da imagem baixada. Não deixe de fazer isso.