Olá,
Dependendo do Caso, para usuários avançados eu recomendo a Gui do FwBuilder, é bem mais complexa e boa para monitorar várias interfaces e até redes inteiras.
Para usuários de Desktop é melhor usar o Firestarter, ele é simples e abre um menu de configuração na primeira vez que você abrí-lo. Ele é executado na inicialização e fica transparente para o usuário, não é preciso abrir ele ou ver um ícone na bandeja, mas se quiser pode abrir o programa que ele coloca um ícone na Bandeja pra vc, daí fica bem fácil parar/iniciar as regras, é muito simples também cadastrar novas regras, liberar portas, tudo bem intuitivo e com simples cliques do mouse.
Para casos muito específicos é melhor estudar sobre Netfilter/iptables que é base de firewall do Linux (a parte do Netfilter diretamente no Kernel e o Iptables como ferramenta de gerenciamento) e fazer scripts de firewall em Shell.
[ ]'s