Bom quando vc liga seu HD de 40G ele passa a ser reconhecido como sdb (hd1).
Ele está no lugar do seu HD de 250G que virou sdc (hd2).
Vc tem duas soluções aí, ou vc troca o jumper ou slot IDE do HD de 40G.
ou mude o menu.lst desta forma:
title Windows
root (hd2,0)
map (hd2) (hd0) <---está parte e para enganar o windows para ele achar que e o primeiro HD(sempre quer ser o primeiro heheh)
map (hd0) (hd2)
makeactive
chainloader +1