Olha sou iniciante no Ubuntu e meu conhecimento não é grande coisa, mas uma coisa que sei é que pro Grub tanto faz se seu HD é sata ou ide ele ve se referir à ele da mesma maneira (hd0,0)
Sei que isso não resolve mas pareceu uma info pertinente.
E como está organizado o seu dual-boot, tipo, em que HD e partição está instalado o Win e o Ubuntu?
hd0,0 é a primeira partição do primeiro disco
hd0,1 é a segunda partição do primeiro disco
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hd1,0 é a primeira partição do segundo disco
hd1,1 é a segunda partição do segundo disco