Algumas coisas não são gravadas quando gerada a .iso, como determinados drivers de terceiros e os programas que vc mencionou.
Mas o interessante é que tem Opera pra Linux, deveria ter 'ido' tmb...
Agora eu li num site que ele gera uma .iso padrão que vai a até 2Gb somente, se extrapolar esse tamanho , já era.
Então nem é bom tentar salvar o sistema inteiro que não simplesmente não rola.
Melhor fazer um dvd de backup da tua home separado.
E qto a drivers e alguns aplicativos a alternativa melhor seria instalar na mão mesmo depois.
Ou neste caso , salvar com o Aptoncd.
Ele tmb gera uma iso mas de todos os pacotes da pasta va/cache/apt/ mas não instala, vc tem que instalar depois um a um.
No caso do aptoncd, eu já não recomendo salvar a pasta inteira pq depois, quando a pessoa vai reinstalar pacote por pacote, simplesmente acusa falta de dependências, muito embora elas estejam todas lá, mesmo assim vc não consegue fazer com que o sistema reconheça.
E se der um apt-get update a coisa piora, aí é que ele não reconhece mesmo.
Mas daí eu pergunto, pra quê fazer uma iso se pode-se salvar determinados programas fazendo um cd de dados?
Eles geralmente vem completos, sem precisar de dependências dos repositórios.
Programas como Opera, Virtualbox, Googleearth etc.
O remastersys , neste caso, é uma mão na luva.
E os problemas dele são mínimos. Vale a pena.
Quanto ao Opera, vou gerar outra iso e ver se ele será reconhecido nela, como tmb o Virtualbox, e te digo depois.
Abraços.