µtorrent é O baixador de torrents, então não dá pra comparar com os outros. Eu uso ele via wine e só com ele e sua criptografia consigo taxas altas de download. Mas precisa abrir as portas no Firestarter, a interface gráfica pro firewall do Ubuntu. Você já fez isso? Lembre que o µtorrent gera uma porta aleatória a cada nova instalação, então as portas do Windows e do Linux provavelmente não serão as mesmas. Como você não passou muita informação, é o que consigo pensar de momento.