gricwb,
Pode perguntar a vontade, estamos aqui é para isso.
Eu já quis fazer isso que vc está falando, personalizar cada área de trabalho, mas no gnome não tem isso não. Não me lembro bem se tem algum programinha que faça isso. No KDE tem.
Já sobre o aMsn, isso tem jeito sim, mas não sei te dizer se é do programa ou do sistema. No Screenlets, por exemplo, você seleciona que ele fica atrelado ao Desktop atual, e se você muda de desktop ele não aparece... agora já programas como o aMsn que abrem janelas novas eu não sei não, principalmente que ele se instala na barra de notificações....
Abraços...