Cara,
se vc voltar ao GDM (tela de login) fechando o Gnome (Ctrl+Alt+Backspace) e pressioanr F10 e selecionar no menu a opção "Desligar" ou "Reinciar" não funciona?
Se não estiver funcioando, acho que ao invés de habilitar o root para logar no ambiente gráfico, melhor é fechar todos programas e pressionar Alt+F2 e digite "sudo halt".
T+
Arlei