Cara, eu já usei (U/Xu/Ku)buntu (nesta ordem) e não notei diferença nas URLs (sempre tem a palavra 'ubuntu', como em "deb
http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ edgy universe multiverse") que estão nas respectivas sources.list. Acho que não tem divisão por ambiente gráfico nos repositórios, mas... alguém me corrija se eu estiver errado.
Edit.: resolvi fazer um teste e abri a URL "archive.ubuntu.com" (abre o FTP/índice), partindo para "archive.kubuntu.com" (não abre nada) e para "archive.xubuntu.com" (abre um FTP onde só tem o apache, o que permite concluir que há uma versão especial dele apenas para o xubuntu).