Olá zackshinra,
O APTonCD cria um Repositório Removível, ou seja ele é uma fonte para o apt-get, aptitude e synaptic. O APTonCD NÃO instala nenhum programa em seu computador, você deve fazer isto por conta própria.
Quando você clicou em Restaurar, ele apenas copiou os pacotes selecionados do CD/DVD devolta para o seu computador.
O procedimento correto para se instalar os pacotes contidos na mídia APTonCD é adicioná-la como repositório, você pode fazer isto clicando no botão "Adicionar CD/DVD" na aba Restaurar. Com isto bastará usar o apt-get ou synaptic para instalar os pacotes que desejar, que eles serão pegos do CD/DVD.
Se quiser instalar todos os pacotes de uma só vez [após adicionar a mídia do aptoncd como fonte], instale o pacote aptoncd-metapackage.
Tem uma ótima documentação aqui:
http://aptoncd.sourceforge.net/doc.htmlAtt,