Não dá para fazer vinculação automática com todas as extensões, porque as possibilidades são muitas. E existem extensões que não são exclusivas para um programa X.
Além disso, existem diversas distribuições Linux, cada qual com sua própria seleção de programas pré-instalados. Nem no Windows ou Mac isso acontece. O que acontece é que a MS já coloca suas extensões pré-configuradas no Windows. Tenta rodar um arquivo do RealPlayer sem tê-lo instalado. O Windows também irá pedir um programa para executá-lo. Até aqui, não há nada de diferente, pois o Linux também pede um programa para executar o arquivo.
Aqui no meu PC, os arquivos .ppt estão associados ao OpenOffice.org, mesmo eu não tendo feito absolutamente nada, já que não utilizo arquivos nesse formato (eu uso o Kubuntu 6.06). E mesmo que o .ppt não estivesse vinculado, é absolutamente fácil tornar uma extensão vinculada a um programa específico. Ao clicar no arquivo com extensão desconhecida (para o sistema, lógico), aparece uma janela perguntando qual programa deve abrir o arquivo. Até aqui, nada de diferente do Windows. Aliás, está até melhor, porque quando clica o "abrir com" abre uma janela com os programas disponíveis no menu K, sendo que no Windows é preciso procurar o caminho do programa.
Quanto aos arquivos executáveis, é questão de costume. Quem viveu anos no ambiente DOS/Windows imagina que há alguma extensão que indique que um arquivo é executável ou não. No ambiente Unix, isso não existe, são as permissões que indicam se um arquivo é executável ou não. Em tempo: o Unix é mais velho que o Windows. A própria MS admite que esse método é melhor e mais seguro, o que indica que no futuro é possível que eles troquem as extensões por permissões. O método atual é um caso em que a facilidade leva à insegurança.
Estou usando Linux a fundo só desde abril, ou seja, não sou nenhum expert na área, mas tenho interesse de aprender as coisas. Em uma semana já estava enturmado com as características do Linux, sem sentir saudades de um recurso ou outro do ambiente Windows.