Nunca tentei, nem sei se funcionaria o sistema após a cópia. Mas se eu quisesse copiar todo o conteudo de uma partição para outra eu faria o seguinte.
Criaria uma lista dos arquivos/diretórios da partição a copiar:
find / -print > LISTA_DE_ARQUIVOS
Depois executaria o comando de cópia baseado nessa lista:
cpio -pduvm DIRETÓRIO_DESTINO < LISTA_DE_ARQUIVOS
Com certeza alguém tem uma forma mais fácil... eu só sei essa.