O comando "clear" faz algo engraçado, não sei se é em todos os ambientes, mas eu aqui uso o xterm ou o gnome-terminal, neste último, que é dotado de uma barra de rolagem vertical, ao dar o comando "clear" não é bem que a tela seja limpa, mas vamos dizer que o comando 'empurra' o que está na tela para cima, ao movimentar a barra de rolagem tá tudo lá ainda...
Mas se eu quero "limpar" mesmo o gnome-terminal eu posso usar o comando "reset", esse dá, acho, o resultado esperado.