voce não esta tentando copiar para uma partição ntfs não né? se for vai ter que usar o ntsf-3g para fazer isso...
se voce acha que talvez seja o nautilus ou algo do tipo atrapanhando abre um terminal e faz isso:
sudo cp ORIGEM DESTINO
EXEMPLO:
cp /home/ares/documentos/OrgComp.zip /home/ares/ - eu copiei o OrgComp.zip para a minha pasta de usuario... no caso não usei o sudo pq não presisava, mas se for mexer em arquivos de sistema vai precisar...