gcesar95, andei visitando o site do plex.tv . Basicamente você está tirando leite de pedra de acordo com a documentação dele.
Você deve ter lido os requerimentos de hardware para uma boa execução do plex.tv em um PC, certo?
Lá diz, Core i3 com 2GB de RAM!!! Como você mesmo falou, ele exige demais do processador ao fazer o transcoding.
Você poderia pelo menos aumentar a RAM para agilizar o processo, já que não vai mudar mesmo o processador. E como o Tota falou, use uma interface gráfica mais leve.
É que o gcesar95 não explicou, mas Tota e zekkerj, só existem duas opções para o plex.tv. A do PC, que vai usar a interface gráfica, e a para servidor NAS, sem interface gráfica!
Sendo assim, para poupar este processador o melhor é usar o Lubuntu ou Xubuntu, nunca o Ubuntu ou Kubuntu!
O resto o Tota já falou, desabilitar todos os serviços possíveis e talvez, eu diria, trocar o sistema de arquivos para um XFS, mais indicado para arquivos grandes e que não consumirá todo o processador durante o transcoding.