Tem uma forma não muito complicada de criptografar arquivos na pasta de usuário depois de ter feito a instalação. Ou seja, não vai encriptar o sistema propriamente dito, mas vai ser útil para manter arquivos pessoais mais seguros, se desejar. Não sei se isso atenderia você, mas é o seguinte:
Instale o ecryptfs-utils (talvez você já tenha instalado):
sudo apt-get install ecryptfs-utils
Crie uma pasta criptografada dentro da usa pasta de usuário com o comando:
ecryptfs-setup-private
Esse comando pedirá que você entre com sua senha de usuário e pedirá que você digite (escolha) uma senha para a criptografia (pode ser a mesma de usuário, ou não). Guarde a senha (apesar de que, provavelmente, precisará dela apenas para recuperar os arquivos se der problema no seu PC).
Depois, reinicie o PC ou saia da sessão e faça o login novamente. Em seguida, talvez apareça uma janela no terminal pedindo que confirme a operação. Apenas confirme. Veja:
http://www.edivaldobrito.com.br/como-criptografar-volumes-no-ubuntu/Assim, você verá uma pasta nomeada Private dentro da sua pasta de usuário. Esta é a pasta criptografada criada e toda vez que fizer login com o seu usuário ela estará pronta para o uso. Para usá-la, copie arquivos para dentro dela. Dica: se você quiser criptografar a sua pasta Documentos, crie uma pasta Documentos dentro da Private, mova os arquivos da "Documentos" original para a nova pasta Private/Documentos e exclua a Documentos original, em seguida. Por fim, crie um link simbólico:
ln -s Documentos Private/Documentos
Com isso você poderá acessar seus documentos normalmente. Os atalhos no gerenciador de arquivos funcionarão da mesma forma.
Esse método é o mesmo usado pelo sistema durante a instalação (quando você marca para criptografar a pasta pessoal durante a criação da conta de usuário,
após ter feito o particionamento). A vantagem de fazer assim é que você pode escolher o que criptografa na sua pasta de usuário. Dá mais trabalho do que usar a opção pronta do instalador do Ubuntu, mas a criptografia deixa o sistema mais lento, ou seja, se criptografar somente o necessário poderá ter alguma vantagem.
Repita o procedimento para outras pastas que desejar. Lembre-se das pasta ocultas (aperte Ctrl + H no gerenciador de arquivos para vê-las), como .thunderbird, .mozilla (que guarda informações do Firefox), etc. Faça o que achar necessário se desejar seguir esse método.
Outra coisa muito importante: tenha consciência que a criptografia pode ser uma barreira para você recuperar arquivos pessoais caso seu sistema dê problema. Não basta simplesmente pegar o HD e acessá-lo de outro PC, ou usar um live iso, pois senão fosse assim, não serviria para nada!!! Dá para acessar, mas pode dar um pouco de trabalho e você deverá usar aquela senha que falei antes (fiz um
tutorial sobre isso uma vez).
Então atenção redobrada com backup.
Se não for isso que deseja, aconselho a seguir a dica do irtigor, pois terá uma criptografia mais completa, podendo encriptar o sistema inteiro (que deve ser feito durante o particionamento), ou apenas a pasta pessoal (fazendo durante a criação do usuário).