Se vc simplesmente copiar todos os arquivos de um pro outro e trouxer de volta, se algum dos arquivos estiver infectado ou se algum dos arquivos for o vírus disfarçado, ele vai voltar do mesmo jeito.
No entanto, supondo que vc copie tudo pro linux, formate seu windows e instale um antivírus eficiente, o que vai acontecer é que na hora em que trouxer seus arquivos de volta é provável que o antivírus detecte os arquivos infectados, impedindo que eles voltem.
Alternativa... vc pode instalar o linux em Dual Boot nessa máquina, e instalar no seu linux algum antivírus, assim vc poderia tentar limpar seu windows. Só não temos como ajudar muito além disso, pois não teria muito "ubuntu" nesses passos