Olá!
Qual a versão do ubuntu? chegou a conferir se o seu sistema tem espaço em disco, jah passei por problemas bem estranhos quando na verdade era falta de disco no próprio sistema operacional.
Outra coisa, seu sistema está montando o HD externo? Ou ao menos, se você conectar um pendrive ele consegue ler os dados desse dispositivo e vc consegue realizar operações de apagar, renomear e deletar nele...