Abra o Nautilus e pressione ao mesmo tempo as teclas Ctrl + H.
Aparecerão algumas pastas e arquivos ocultos iniciadas com um ponto (.) na frente do nome, exemplo, <.adobe>.
Selecione todos os arquivos e pastas iniciados com o ponto, exceto, .mozilla e .thunderbird, e delete todos demais.
Reinicie o ambiente gráfico e veja se resolve o seu problema.
P.S.: Se puder realizar este procedimento via LiveUSB / LiveDVD, será melhor ainda. Mas neste modo abra o Nautilus como root, digitando no terminal do Ubuntu rodando pelo LiveUSB / LiveDVD:
sudo nautilus