Tente adicionar estas linhas ao arquivo /etc/profile e reiniciar a máquina.
http_proxy=http://seu-proxy:porta/
ftp_proxy=http://seu-proxy:porta/
Onde "seu-proxy" é o endereço do seu proxy (p.ex. 192.168.1.1) e "porta" é a porta onde ele escuta (p.ex. 3128 ou 8080).