Dê uma olhada no manual da sua motherboard. É provável que exista um jumper para desabilitar a placa de som onboard. Se não for possível por esse meio, é possível pelo Ubuntu, mas é mais complicado, é preciso usar o terminal e editar arquivos de texto, o pessoal daqui é radicalmente contra essas coisas.
Mas se você quiser insistir em fazer essas coisas dignas de um super-herói, abra o terminal e digite isso:
sudo gedit /etc/modprobe.d/blacklist
Ou, se você estiver usando o Kubuntu:
sudo kedit /etc/modprobe.d/blacklist
Se quiser, pode substituir gedit ou kedit pelo editor de sua preferência. Em seguida acrescente essa linha no arquivo que você abriu:
blacklist snd_cmipci
Salve o arquivo, dê um reboot e veja se funcionou.