Consegui fazer funcionar seguindo os tópicos desse artigo:
http://www.vivaolinux.com.br/dica/Como-instalar-um-joystick-+-mupen64-no-Ubuntu-Xubuntu" Primeiro instale os programas para o seu joystick:
$ sudo aptitude install joystick xserver-xorg-input-joystick
Reinicie o seu computador, caso o seu controle não esteja funcionando corretamente, ou esteja controlando o mouse do computador, faça o seguinte:
Abra com o root o arquivo /usr/share/X11/xorg.conf.d/50-joystick.conf, caso não tenha, veja se na pasta /usr/share/X11/xorg.conf.d/ não tem nenhum arquivo com o nome joystick, não tendo, crie um. Comente o que está no arquivo (colocando # na frente de cada linha) e coloque isso:
Section "InputDevice"
Identifier "Joystick"
Driver "joystick"
Option "Device" "/dev/input/js0"
Option "SendCoreEvents" "true"
EndSection
Uma observação, no geral, o joystick é identificado no /dev/input/js0, use o comando "dmesg" para descobrir.
Salve e reinicie o computador. O seu joystick deve estar funcionando agora. "