Se quiser tentar eliminar esse suposto vírus, execute um antivírus do Windows na partição em que estái instalado o Ubuntu.
Após isso, realiza outro exame do rkhunter
Só uma dúvida:
O rkhunter não procura virus, apenas rootkits, que são coisas bem diferentes.
Nenhum antivirus encontra virus no Linux
Assim a minha questão: para quê tudo isto?
Pelo resultado do rkhunter postado, ele sugeriu algumas pastas como suspeitas, que devem ser analisadas manualmente pelo administrador do sistema, só isto.
O sistema dele não tem rootkits, e como não tem virus atuais para o linux, basta ocupar o tempo com outros afazeres.
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