Quando instalados pelo gerenciador de pacotes, eles devem aparecer sem trabalho manual, nos outros casos, a coisa depende da boa vontade do criador do instalador, script ou tutorial. "/usr/share/applications/" é um diretório do sistema, só como administrador (root) você vai conseguir mexer lá, mas existe um diretório equivalente pro seu usuário, que é "~/.local/share/applications/".