Isso que você pergunta, se estou entendendo bem, é uma questão complexa.
Se você quer saber onde ativa ou desativa algo que inicia junto com o sistema, mas que seja local e feito pelo usuário, então no Ubuntu 12.04 basta clicar no ícone de uma engrenagem na barra superior, no lado direito (primeiro ícone) e escolher
Aplicativos de sessão...Se você quer ver e até fechar algo que é carregado no sistema ou o que você abriu, clique no dash (ícone do Ubuntu) da barra lateral esquerda e digite o termo:
Monitor do sistema, clique no ícone do programa e na janela que abrir vá a guia
Processos. Se quiser ver todos os processo utilize o menu
Ver da janela do monitor de processos e escolha todos os processos.
Agora se você quer entender com todos os processos são carregados tem que ler muito sobre
init,
initctl,
update-rc.d e
upstart, etc.
Pelo terminal digite:
man initvai abrir o manul do
initman initctlidem para o
initcltman
update-rc.didem para o
update-rc.dpara o
upstart veja os links:
http://www.hardware.com.br/tutoriais/ubuntu-upstart/http://upstart.ubuntu.com/cookbook/São questões complexas e acho que num só programa gráfico você não encontra algo para configurar tudo o que é carregado pelo sistema no boot.