Leia o log do servidor web (apache, nginx, lighttpd ou o que for), por ele deve ficar fácil de identificar se você está indicando um caminho diferente do real, ou se as permissões não estão corretas. Dependendo da configuração você vai ter que elevar o nível do que vai pro log, mas isso é dependente do que você está usando, e não deve ser difícil de verificar com uma pesquisa.