Olá @avjunior, tudo bem? Isso chama-se "fragmentação interna", e é uma característica esperada em vários sistemas de arquivos, uns mais, outros menos.
Tem a ver com a unidade de alocação de espaço em disco. Apesar de que o tamanho de bloco que você reporta está muito grande... qual é o tamanho dessa partição?
Outra coisa, executa o comando abaixo e cola o resultado aqui.
tune2fs -l /dev/sdXn
Onde "sdXn" é a partição onde vc está gravando esses arquivos (tipo, sda1, sdb5, etc.).
Qual