Bem, primeiro para o pessoal poder te ajudar é necessário que você informe que software esta tentando instalar.
Segundo, é bom verificar se o software que você deseja instalar é compatível com o wine, e para isto verifique em:
http://appdb.winehq.org/Existe um grande repositório de aplicaçãoes
E saiu uma nova versão do wine.
Outra boa opção complementar ao wine é instalar também o PlayOnlinux, que é um software que ajuda muito.
Com o PlayOnlinux , consegui instalar outros programas, que com somente o wine não conseguia.
O PlayOnlinux não é somente para jogos como parece a primeira vista, serve também para aplicativos sérios.
Sobre dlls, muitas vezes o pessoal copia manualmente as dlls instaladas no windows, copiando para a pasta do wine nos diretorios correspondentes.
Mas as vezes é dificil saber quais são estas dlls, que muitas vezes ficam escondidas dentro do windows em vários diretórios.