Em complemento, o que alguns adotam é criar, digamos assim, uma terceira partição no formato NTFS somente para armazenamento de arquivos, tornando-a comum ao Windows e Linux, ou seja, os arquivos que produza no Linux ao invés de salvar nos diretórios (=pastas) apropriados, salva em diretórios nessa partição em separada. No Windows a mesma coisa, ao invés de salvar usando a estrutura padrão que já vem no sistema, transfere tudo para essa partição separada que seria apenas de arquivos pessoais, desgarrada da partição de sistema propriamente dita.
Esse tipo tem também a vantagem adicional de permitir reinstalação do sistema operacional de forma mais simples, seja ele o Windows ou o Linux.
Ao reinstalar não precisa ficar preocupado com os arquivos pessoais, que estarão na partição separada.
A solução da partição NTFS separada exclusiva para arquivos pessoais é boa, entretanto, há uma certa perda de performance no acesso aos arquivos pessoais a partir do Linux. A partição nativa do Linux Ubuntu é no formato ext4 e a velocidade de acesso é maior do que quando acessa arquivos em estejam em partição NTFS, mas não é nada dramático em se tratando de um computador de uso pessoal, possivelmente você jamais saberia disso, é um tanto quanto imperceptível.
Mas enfim, como organizar isso quando se está em dual boot é uma questão de gosto pessoal naquilo que achar possa ter maior praticidade.