Ei, cerri, ambos os discos rígidos são de interfaces SATA ou IDE? Caso possuam diferença neste aspecto, creio que o disco com interface IDE deva ser sempre o disco escravo. E mais, sugiro que deixe ou instale o Linux no disco escravo caso esteja utilizando o sistema em fase experimental.
Para voltar a acessar o Windows normalmente, siga a dica do membro pinduvoz.